L’APECA est constituée de deux organes:

• L’Assemblée plénière qui comprend tous les membres de l’association et se réunit une fois tous les deux ans, à l’occasion des congrès d’études ; elle trace les orientations générales de l’association et élit les membres du comité exécutif.
• Le comité exécutif qui comprend le Président, le Vice-Président et le Secrétaire Général, élus par l’assemblée plénière pour un mandat de quatre ans renouvelable ; il met en application les décisions de l’assemblée plénière, représente l’association auprès des tierces personnes et gère ses finances.