L’APECA poursuit principalement deux objectifs distincts, mais inséparables:

• faire de l’exégèse scientifique, en appliquant rigoureusement les méthodes reconnues dans l’univers des sciences bibliques;
• faire de l’exégèse contextualisée, en répondant aux questions que posent, dans leurs contextes particuliers, les chrétiens d’Afrique à la Parole de Dieu qui illumine la vie de leurs communautés.

L’APECA vise ainsi à servir l’Eglise d’Afrique dans son engagement à rendre témoignage, dans sa situation et sa culture, au Christ ressuscité, Verbe de Dieu fait chair. Elle fait de l’exégèse dans, pour et avec l’Eglise. D’où son lien étroit avec le Centre de l’Apostolat Biblique en Afrique et Madagascar (CEBAM / BICAM), une institution du SCEAM.

Ces objectifs sont atteints grâce à l’organisation bisannuelle des congrès d’études.